Στο Τμήμα μας λειτουργούν με επιτυχία τρία (3) Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:
(ι) Ανάλυση και Διαχείριση Ανθρωπογενών και Φυσικών Καταστροφών, Διιδρυματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με την Πυροσβεστική Ακαδημία
(ii) Βιοποικιλότητα, Οικοσυστήματα, Περιβαλλοντική Αλλαγή (ερευνητικού χαρακτήρα, έχει ανασταλεί)
(iii) Νερό, Βιόσφαιρα και Κλιματική Αλλαγή (Διιδρυματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με το ΕΚΠΑ και έναρξη το ακαδημαϊκό έτος 2021-2022)